EPS, AI をPHPなどプログラムで変換するときのコツを書きます。（その２）
イラストレーター（.ai）
「PDF互換」で透過されていれば、そのまま透過されます。
「PDF互換」で透過されていなければ、そのまま透過されません。
※ ちなみに、「PDF互換なし」で入稿すると、データがありませんと返ってきます。
イラレ入稿には、レイヤは関係ないのです。
レイヤで透かしを入れたとか、レイヤで透過していたとか、印刷ができてから言っても無理なので、ご注意ください。
イラレの場合「レイヤに透過情報が入っている」は無効です。
イラレの場合「PDF互換レイヤに透過情報」が入っていることが重要です。
フォトショップ（.eps）
各レイヤが画像ですので、レイヤごとに一枚の画像ファイルとして出力されます。
吐き出しファイル名を「output.png」と指定すると
output-0.png
output-1.png
output-2.png
output-3.png
output-*.png
というように、沢山のファイルが吐出されます。
ゼロは全レイヤを統合した画像ファイル
それ以降は、レイヤごとに画像化したファイル
です。
レイヤが独立した画像として認識されるので「透過情報」も引き継がれます。
DTP印刷でも、プログラムの自動処理でも、入稿したとおりに透過情報も反映されます。
※ イラレ入稿で透過されないのは、入稿データが透過されていないのです。
試しに
私も、入稿データを作ってみました。
フォトショでは透過情報を簡単にきちんと保存できます。
イラレで透過情報をきちんと保存することは、神業くらい難しいようです。
（イラレでレイヤ単位で透過しているのは、大概はベクトル情報です。（←NG） 画像情報としてきちんと透過しなければ入稿には反映されません）
↑確認方法は
イラレで保存したデータを、他のソフトで開いてみてください。
それで透過していたら成功です！