EPS, AI をPHPなどプログラムで変換するときのコツを書きます。
イラストレーター（.ai）
レイヤは、画像ではなくベクトルデータです。
保存の時に「PDF互換」にチェックを入れると、全レイヤを統合した画像データが
一枚目のレイヤとして保存されます。
この一枚のレイヤのみが、印刷に使用されます。
（イラレでしか見れない他のレイヤは無意味ということです）
フォトショップ（.eps）
各レイヤが画像ですので、レイヤごとに一枚の画像ファイルとして出力されます。
レイヤごとに、印刷に使用されます。
みなさんお気づきと思いますが（←そんなこと、知ってるよという人がほとんどだと思います）
↓イラレは画像処理ソフトではないのです。PDF互換の一枚のレイヤ画像のみが利用されます。
http://d.hatena.ne.jp/akane_neko/20130418/1366236806
印刷屋さんが扱う場合も、プログラムで自動処理を行う場合も
全く同じことができます。
印刷屋さんも（.ai）のソフト上で透過していても
『イラレの「PDF互換」で透過』していないものは、透過しないまま印刷されます。
（当然です）