レンタルサーバー｜さくらインターネット に EC-CUBEを設置するには少々コツがいります。
ファイルパーミッション（アクセス権）は
ディレクトリ（フォルダ）： 0705
*.php： 0705
*.tpl： 0705
その他のファイル： 0604
EC-CUBEのルートディレクトリにある.htaccess は削除します。
かわりにサーバーの管理画面からphp.iniが設定できるので、 magic_quotes_gpc = off にします。
エラーメッセージ、問題ないが多くの警告が表示されますので、これもOFFにします。